Hệ thống Quản lý theo dõi Chương trình 135 được UBDT thử nghiệm từ năm 2013 . Đến nay hệ thống này đã được UBDT tập huấn và triển khai tại hai tỉnh Nghệ An và Phú Thọ. Hệ thống hỗ trợ các đơn vị quản lý các công văn đến, đi, các tác vụ liên quan tới công văn hoặc đăng ký sử dụng các cơ sở vật chất dùng chung của đơn vị; hỗ trợ người dùng cấp huyện trong việc phân bổ và sử dụng nguồn vốn của huyện và các xã trong Chương trình 135. Đồng thời, cấp huyện được phép làm các báo cáo thống kê của các xã, thôn thuộc Chương trình 135; hỗ trợ người dùng ở các cấp xem các báo cáo về tình hình phân bổ và sử dụng nguồn vốn 135. Mỗi cấp sẽ được quyền xem các báo cáo khác nhau tùy theo chức năng và quyền hạn của cấp đó.

Việc xây dựng Hệ thống quản lý theo dõi Chương trình 135 nhằm ứng dụng công nghệ thông tin vào quản lý và theo dõi Chương trình Phát triển kinh tế - xã hội ở các xã đặc biệt khó khăn vùng dân tộc thiểu số và miền núi giai đoạn 3 (Chương trình 135 giai đoạn 3) nhằm mang lại các lợi ích trong quản lý nhà nước; Nâng cao khả năng quản lý; Nâng cấp khả năng kiểm soát và điều hành của các đơn vị triển khai Chương trình 135 giai đoạn 3 trên phạm vi nhiều địa phương, tỉnh/thành; Kiểm soát nguồn phân phối vốn cho các hoạt động ở các đơn vị; Điều hành tốt các chính sách nhà nước, nhanh, chính xác, mang tính thời điểm và kịp thời đến các đơn vị phân tán của Chương trình; Quản lý tính kịp thời của các vướng mắc; Kiểm soát toàn bộ thông tin Chương trình 135 từ UBDT xuống đến cấp xã, bước đầu từ nguồn thông tin chính là các dự án đang triển khai; Chuyển đổi mô hình báo cáo giấy sang mô hình báo cáo trực tuyến hỗ trợ xuất ra excel; Tạo công cụ để kiết xuất số liệu, làm báo cáo hoặc phân tích số liệu cho các cấp, các ban ngành liên quan; Giảm thiểu công việc thủ công, đảm bảo an toàn dữ liệu cho các tuyến báo cáo; Tăng hiệu suất làm việc cho các chuyên viên.

Qua hai ngày được chuyên gia hướng dẫn và thao tác trực tiếp trên hệ thống quản lý theo dõi Chương trình 135, các học viên đã nắm vững cách sử dụng hệ thống, đưa các số liệu và báo cáo của từng huyện vào hệ thống…, đồng thời chuyên gia cũng đã giải đáp những thắc mắc của đại biểu trong quá trình thực hành và trao đổi thẳng thắn những vướng mắc mà các đại biểu còn gặp phải tại địa phương trong quá trình triển khai.