Mục tiêu cụ thể của Đề án là củng cố và phát triển mạng lưới, quy mô các trường phổ thông dân tộc nội trú ở miền núi, vùng dân tộc, vùng có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn, đảm bảo các tỉnh, huyện có đông người dân tộc thiểu số, có nhu cầu và đủ điều kiện mở trường đều có trường phổ thông dân tộc nội trú, trung bình mỗi tỉnh có 1 trường phổ thông dân tộc nội trú tỉnh, mỗi huyện có 1 trường phổ thông dân tộc nội trú huyện.

Phấn đấu đến năm 2015, cả nước có 317 trường phổ thông dân tộc nội trú với khoảng 85.000 học sinh, đạt bình quân 7% học sinh dân tộc thiểu số cấp trung học cơ sở và cấp trung học phổ thông trong toàn quốc được học trong trường phổ thông dân tộc nội trú.

Đồng thời, đầu tư xây dựng cơ sở vật chất cho các trường phổ thông dân tộc nội trú theo hướng trường trung học đạt chuẩn quốc gia và đảm bảo các điều kiện để nuôi dạy học sinh nội trú. Phấn đấu đến năm 2015 có khoảng 30% số trường phổ thông dân tộc nội trú đạt chuẩn quốc gia.

Bên cạnh đó, sẽ nâng cao năng lực nghiệp vụ sư phạm cho đội ngũ quản lý, giáo viên các trường phổ thông dân tộc nội trú, đáp ứng yêu cầu nâng cao chất lượng dạy học, giáo dục và quản lý tại các trường này; tăng cường các điều kiện hỗ trợ hoạt động giáo dục và công tác quản lý trường phổ thông dân tộc nội trú…

Để hoàn thành mục tiêu trên, Đề án sẽ thực hiện đồng thời 4 hoạt động lớn, bao gồm: Đầu tư xây dựng bổ sung các hạng mục công trình cho 223 trường phổ thông dân tộc nội trú theo hướng trường trung học đạt chuẩn quốc gia và đảm bảo các điều kiện để nuôi dạy học sinh nội trú.

Đầu tư xây dựng mới cơ sở vật chất cho 48 trường phổ thông dân tộc nội trú tại 22 tỉnh miền núi, vùng dân tộc nội trú. Cụ thể là xây dựng mới 41 trường phổ thông dân tộc nội trú cấp huyện và 7 trường cấp tỉnh tại 22 tỉnh: Hà Giang, Tuyên Quang, Cao Bằng, Bắc Kạn, Thái Nguyên, Hòa Bình, Thanh Hóa, Nghệ An, Kon Tum, Gia Lai, Đắk Lắk, Đắk Nông, Lâm Đồng, Ninh Thuận, Bình Phước, Bình Thuận, An giang, Kiên Giang, Trà Vinh, Sóc Trăng, Bạc Liêu và Cà Mau.

Bồi dưỡng, tập huấn nâng cao năng lực cho đội ngũ cán bộ quản lý, giáo viên các trường phổ thông dân tộc nội trú.

Tăng cường các điều kiện hỗ trợ hoạt động giáo dục và công tác quản lý các trường phổ thông dân tộc nội trú đáp ứng yêu cầu đổi mới nâng cao chất lượng giáo dục. Trong đó, sẽ xây dựng website chung cho hệ thống trường phổ thông dân tộc nội trú và phát hành Tập san Giáo dục nội trú phục vụ công tác quản lý của ngành.