Để tạo điều kiện cho các làng nghề phát triển, tỉnh đã hỗ trợ gần 4 tỉ đồng từ nguồn vốn khuyến công và Quỹ giải quyết việc làm, đồng thời sắp xếp lại hoạt động các nghề theo hướng sản xuất hàng hóa; trong đó chọn làng nghề dệt chiếu cói Phú Tân, xã An Cư (Tuy An) và làng nghề sản xuất cá cơm Xuân Hòa (TX Sông Cầu) là 2 trong số 5 mô hình làng nghề hoạt động theo phương thức kinh tế hợp tác. Trong chiến lược phát triển du lịch đến năm 2020, tỉnh cũng đã tính đến việc chọn các tour du lịch đến một số làng nghề ven biển gắn với khám phá bản sắc dân tộc như hò bá trạo, hát bài chòi và khuyến khích người dân làm hàng mỹ nghệ từ vỏ hải sản.

Theo UBND tỉnh Phú Yên, đến năm 2015, cơ bản hoàn thiện các công cụ chính sách, pháp luật về công tác quản lý, bảo vệ môi trường làng nghề; đặc biệt là các chính sách ưu đãi, hỗ trợ cho làng nghề và làng nghề truyền thống. Đến năm 2020, công khai và cập nhật thường xuyên danh sách, thông tin về thực trạng các làng nghề được công nhận, làng nghề chưa được công nhận và làng nghề truyền thống; quản lý chặt chẽ công tác bảo vệ môi trường (BVMT) tại các làng nghề và cơ bản kiểm soát được tình trạng ô nhiễm môi trường làng nghề; không phát sinh làng nghề ô nhiễm môi trường nghiêm trọng mới; 100% các cơ sở sản xuất còn tồn tại trong các khu vực nông thôn được di dời vào Cụm tiểu thủ công nghiệp (TTCN) - làng nghề, hoặc chấm dứt hoạt động; di dời các cơ sở sản xuất gây ô nhiễm môi trường về nước thải, chất thải rắn, khí thải và tiếng ồn trong khu dân cư vào Cụm TTCN - làng nghề; 100% các khu, Cụm TTCN - làng nghề tuân thủ đầy đủ các yêu cầu về BVMT... Trên cơ sở đó, đến năm 2030, định hướng phát triển làng nghề theo hướng bảo tồn làng nghề truyền thống; bảo đảm 100% các làng nghề được công nhận, thống nhất quản lý và tuân thủ đầy đủ các điều kiện về BVMT; hoàn thiện thể chế, chính sách BVMT làng nghề để triển khai đồng bộ, hiệu quả.

Trong quy hoạch bảo vệ môi trường giai đoạn 2011-2020, định hướng đến năm 2030, Phú Yên ưu tiên hàng đầu công tác BVMT làng nghề. Tập trung triển khai các mô hình công nghệ và biện pháp kỹ thuật nhằm định hướng cho việc xử lý ô nhiễm môi trường làng nghề; trong đó, lựa chọn, xây dựng và áp dụng thử nghiệm các mô hình làng nghề truyền thống gắn với du lịch, thực hiện tốt các quy định về BVMT để nhân rộng ra các địa phương có các loại hình làng nghề tương tự. Tăng cường công tác truyền thông, đào tạo, nâng cao năng lực BVMT làng nghề; thường xuyên tổ chức các khóa đào tạo, tập huấn về quản lý môi trường làng nghề cho cán bộ các cấp; đồng thời mở các khóa đào tạo, tập huấn về xử lý chất thải, BVMT cho các tổ chức, cá nhân hoạt động sản xuất, kinh doanh trong làng nghề...