Theo ý kiến của Bộ Tư pháp (Báo cáo số 277/BC-HĐTĐ ngày 29/9/2015 của Hội đồng thẩm định Dự án Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế Giá trị gia tăng, Luật Thuế Tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế, Hội đồng thẩm định đề nghị cơ quan soạn thảo cân nhắc kỹ vì các lý do sau đây:
 
 Thứ nhất, quy định này chưa thực sự phù hợp với nguyên tắc bình đẳng giữa các doanh nghiệp vì phân biệt đối xử giá tính thuế trong trường hợp bán hàng qua công ty thương mại độc lập và bán hàng qua công ty thương mại là công ty con. Luật Doanh nghiệp, mới có hiệu lực từ ngày 01/7/2015, tại Điều 5, Khoản 1 quy định rõ Nhà nước: “… bảo đảm bình đẳng trước pháp luật của các doanh nghiệp…”. Luật Thương mại (Điều 10), Bộ luật Dân sự (Điều 5) và các Luật khác đều khẳng định nguyên tắc bình đẳng này, tạo ra sự phù hợp với các quy luật khách quan của nền kinh tế thị trường. Trong trường hợp bán hàng qua công ty con thì Điều 190 Khoản 2 Luật Doanh nghiệp 2014 cũng nêu rõ: “Hợp đồng, giao dịch và quan hệ khác giữa công ty mẹ và công ty con đều phải được thiết lập và thực hiện độc lập, bình đẳng theo điều kiện áp dụng đối với các chủ thể pháp lý độc lập”.
 
 Thứ hai, quy định phân biệt giá tính thuế sẽ không khuyến khích sự chuyên môn hóa giữa khâu sản xuất và khâu phân phối theo quy luật kinh tế thị trường, đồng thời tạo ra sự bất lợi cho hàng hóa sản xuất trong nước so với hàng hóa nhập khẩu. Điều này sẽ làm mất đi công cụ hợp pháp trong việc bảo hộ sản xuất trong nước trong bối cảnh Việt Nam hội nhập kinh tế quốc tế ngày càng sâu rộng. Với việc ký kết hàng loạt các hiệp định thương mại tự do (FTAs) với Hàn Quốc, Liên minh châu Âu cũng như sắp tới là TPP, các sản phẩm nhập ngoại sẽ ngày càng có nhiều lợi thế khi gia nhập thị trường và cạnh tranh khốc liệt với hàng sản xuất trong nước. Do vậy, việc nâng cao sức cạnh tranh cho hàng hóa sản xuất trong nước thông qua việc khuyến khích phát triển hệ thống công ty phân phối thương mại sẽ là một nhân tố quan trọng trong việc đảm bảo tính bền vững của nền kinh tế, tạo nguồn thu ổn định cho ngân sách quốc gia.
 
 Thứ ba, quy định này sẽ tạo tác động kép khá lớn lên doanh nghiệp khi Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt số 70/2014/QH13, có hiệu lực từ 01/01/2016, sẽ tăng mạnh các mức thuế suất thuế tiêu thụ đặc biệt và có ảnh hưởng đến cộng đồng doanh nghiệp và nền kinh tế. 
 
 Thứ tư, liên quan đến vấn đề này, về mặt pháp lý, đã có nhiều quy định về chống chuyển giá, ấn định thuế, chế tài xử phạt trong các trường hợp vi phạm trốn thuế, gian lận thuế như Luật Quản lý thuế (Điều 37 về ấn định thuế). 
 
 Để đảm bảo hài hòa lợi ích của Nhà nước và doanh nghiệp, tránh tình trạng vận dụng chính sách thuế để giảm nộp thuế qua hình thức tổ chức nhiều khâu, chuỗi phân phối, đồng thời giữ được sự ổn định và thống nhất của hệ thống pháp luật về thuế theo Luật và Nghị định hướng dẫn hiện hành, đề nghị cơ quan chủ trì soạn thảo nghiên cứu thể hiện lại giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt cho phù hợp.
 
 Dự thảo mới nhất sẽ tiếp tục tăng tiếp thuế tiêu thụ đặc biệt. Đây sẽ là một khó khăn rất lớn cho đội ngũ các doanh nghiệp trong đó có ngành sản xuất bia trước bối cảnh liên tiếp phải lo tái đầu tư, tái cơ cấu thích ứng với việc đóng thuế một mức ngày càng cao hơn. Các doanh nghiệp kinh doanh hợp pháp, đặc biệt là các doanh nghiệp FDI rất cần một môi trường đầu tư cũng như chính sách quản lý nhà nước ổn định để hoạch định kế hoạch chiến lược kinh doanh. Sự bất ổn về mặt chính sách này tạo khó khăn vô cùng lớn cho doanh nghiệp trong điều chỉnh kế hoạch sản xuất kinh doanh vì không thể dự đoán được sự thay đổi của chính sách, pháp luật.
 
 Mục đích của việc thay đổi Luật liên quan đến thuế TTTĐB nhằm tăng nguồn thu cho ngân sách nhà nước. Tuy nhiên, theo nghiên cứu về “Vị trí, vai trò của ngành bia trong phát triển kinh tế, xã hội Việt Nam” của Viện Chiến lược, Chính sách Công nghiệp (Bộ Công Thương) phối hợp cùng Công ty Regioplan (Hà Lan) và Earnst & Young Việt Nam thực hiện, khi thuế suất thuế TTĐB của bia tăng từ 45% lên 50% tại thời điểm năm 2013 thì đến quý I/2014 tuy giá trị thuế TTĐB thu được tăng 31% nhưng tổng thu ngân sách liên quan đến ngành bia bao gồm cả thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế VAT của các ngành có liên quan trong chuỗi cung ứng lại giảm 6%. Tính đến hết năm 2014, tốc độ tăng trưởng của ngành bia đã sụt giảm đáng kể, chỉ còn là 3,1% so với 7,6% của năm 2013 và 8% của năm 2012. Điều này cho thấy việc tăng thuế không hợp lý chỉ có thể tăng thu ngay trong thời gian ngắn nhưng sẽ làm giảm nguồn thu trong dài hạn.
 
 Tại điểm 1, Điều 2 của Dự thảo nêu: “Trường hợp bán hàng qua các công ty con hoặc bán hàng qua công ty con khác trong cùng công ty mẹ thì giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt là giá do các công ty con bán ra thị trường (trừ ô tô dưới 24 chỗ ngồi)”. Quan hệ công ty mẹ, công ty con được xác định theo quy định của Luật Doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn thi hành”.
 
 Theo quan điểm Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam góp ý vào dự thảo Luật sửa đổi, bổ sung một số điều về các luật thuế cho rằng, nhiều hệ thống sản xuất, phân phối được vận hành từ nhiều năm nay, rất ổn định và có hiệu quả. Quy định nêu trên nếu đưa vào thực thi sẽ phá vỡ hệ thống đó, làm xáo trộn nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh đang hoạt động ổn định trong nền kinh tế vì các nhà sản xuất sẽ thay đổi cơ cấu bán hàng, thay vì bán hàng trực tiếp cho các công ty con, công ty con trong cùng công ty mẹ, họ sẽ phân phối hàng hóa thông qua các hệ thống trung gian khác mà không phải là công ty con hay công ty con trong cùng công ty mẹ trực tiếp. 
 
 Từ phân tích trên, Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam cho rằng, với sự sửa đổi này, mục tiêu hạn chế gian lận và chống chuyển giá vẫn không thực hiện được, trong khi chi phí bỏ ra để thay đổi hệ thống phân phối là quá lớn, dẫn tới lãng phí xã hội, người tiêu dùng phải gánh chịu. Bên cạnh đó, vô hình trung những quy định này sẽ làm giảm sự chuyên môn hóa trong mô hình kinh doanh, thương mại của doanh nghiệp. Đặc biệt, trong giai đoạn thị trường Việt Nam đang trong giai đoạn chuẩn bị hội nhập gấp rút, việc chuyên môn hóa, chuyên nghiệp hóa hoạt động của doanh nghiệp trong khâu phân phối (thông qua các công ty con chuyên phân phối) là cần thiết và thực sự đã đem lại hiệu quả trong việc phát triển thị trường, tăng sản lượng tiêu thụ cho doanh nghiệp.
 
 Theo ông Nguyễn Văn Việt, Chủ tịch Hiệp hội Bia - rượu - nước giải khát Việt Nam cho rằng, theo quy định tại Nghị định 94/2012/NĐ-CP của Chính phủ về “Quản lý sản xuất, kinh doanh rượu” thì nhà nhập khẩu rượu có thể bán hàng cho nhà phân phối, thương nhân bán buôn hoặc trực tiếp bán lẻ tại các cửa hàng trực thuộc doanh nghiệp nhập khẩu. Quy định mới, nếu được thông qua sẽ có nhiều mức giá bán ra từ nhà nhập khẩu có nghĩa là sẽ có nhiều mức giá tính thuế TTĐB. Đây sẽ là vấn đề phức tạp, khó khăn cho người nộp thuế, cũng như cơ quan thuế trong việc thực hiện kê khai, quyết toán, nộp thuế… với nhiều giấy tờ, thủ tục và như vậy sẽ đi ngược lại chủ trương cải cách thủ tục hành chính thuế.
 
 Trên thực tế, sự tồn tại của công ty thương mại có mối quan hệ mẹ con hoặc công ty con trong cùng công ty mẹ là căn cứ để cơ quan thuế dễ dàng xác định số thuế phải thu một cách minh bạch giữa cơ quan thuế và đơn vị nộp thuế. Theo đề xuất mới, cơ sở để xác đinh số thuế phải thu sẽ dựa trên giá bán ra của một bên thứ ba là đại lý cấp 1 và giá bán này không cố định luôn có thể thay đổi theo địa lý, thời vụ…. Điều này sẽ đặt doanh nghiệp vào thế bị động, luôn lo lắng rằng mình đã kê khai đúng thuế hay chưa? Còn cơ quan thuế cũng sẽ luôn phải băn khoăn liệu mình đã thu đúng và đủ thuế hay không? Ngoài ra, đây cũng là lỗ hổng, có thể dẫn tới phát sinh tiêu cực giữa cán bộ thuế và doanh nghiệp, phá vỡ sự minh bạch. Hậu quả là nhà nước sẽ thất thu thuế./.