Bộ trưởng Bộ KH&ĐT làm Chủ tịch Hội đồng. Phó Chủ tịch Hội đồng là Thứ trưởng Bộ KH&ĐT.

Các ủy viên bao gồm lãnh đạo các Bộ: Tài chính; Công Thương; Xây dựng; Tài nguyên và Môi trường; NN&PTNT; LĐTB&XH; Quốc phòng; Công an; Giao thông vận tải; GD&ĐT; Nội vụ; VHTT&DL; Y tế; Tư pháp; Thông tin và Truyền thông; KH&CN; Ngoại giao; lãnh đạo UBDT; lãnh đạo Ngân hàng Nhà nước Việt Nam.

Bộ KH&ĐT là cơ quan thường trực của Hội đồng thẩm định. Hội đồng thẩm định có Tổ chuyên gia thẩm định liên ngành giúp Hội đồng thực hiện các công việc thẩm định.

Quyết định nêu rõ: Hội đồng thẩm định có nhiệm vụ tổ chức thẩm định Báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư Chương trình, trình Chính phủ xem xét, quyết định. Yêu cầu Cơ quan được giao chuẩn bị Báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư Chương trình cung cấp các tài liệu, thông tin có liên quan đến Chương trình để phục vụ công tác thẩm định; khi cần thiết, yêu cầu sửa đổi, bổ sung hồ sơ để đáp ứng các yêu cầu thẩm định. Xem xét, quyết định kế hoạch thẩm định và các vấn đề khác có liên quan trong quá trình thẩm định Báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư Chương trình.

Hội đồng thẩm định nhà nước làm việc theo chế độ tập thể dưới sự chỉ đạo của Chủ tịch Hội đồng. Phiên họp Hội đồng thẩm định nhà nước được coi là hợp lệ khi có ít nhất 50% số thành viên tham dự. Các ý kiến kết luận được thống nhất theo nguyên tắc đa số. Trường hợp tỷ lệ biểu quyết là 50/50 trên số thành viên Hội đồng, vấn đề được thông qua theo ý kiến đã biểu quyết của Chủ tịch Hội đồng.

Kết luận cuối cùng thông qua các nội dung thẩm định Chương trình trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ phải được ít nhất 2/3 số thành viên Hội đồng thẩm định nhà nước thông qua. Ý kiến các thành viên thẩm định nhà nước được thực hiện bằng cách biểu quyết tại cuộc họp hoặc bằng văn bản gửi đến Hội đồng thẩm định nhà nước.